Pada tahun 1809, jumlah pasukan Perancis di wilayah Jerman berkurang berikutan penugasan mereka ke medan perang di Sepanyol. Austria mencuba memanfaatkan kesempatan ini dengan menyerbu Kerajaan Bayern yang merupakan sekutu Perancis, namun Napoleon berhasil mengalahkan pasukan Austria dan menduduki kota Vienna pada awal Mei 1809. Erzherzog Karl pula mencuba menghimpun suatu angkatan tentera sambil mereka beredar ke sebelah utara Sungai Donau. Maka dari itu, Austria dapat meneruskan perang terhadap Napoleon sehingga menjelang akhir Mei di mana Napoleon mengalami kekalahan dalam Pertempuran Aspern-Essling.

Napoleon mengambil masa waktu enam minggu untuk mempersiapkan serangan berikutnya; beliau berhasil mengumpulkan 165,000 orang askar gabungan Perancis, Jerman dan Italia di sekitar kota Vienna. Pertempuran Wagram dimulakan setelah Napoleon menyeberangi Sungai Donau bersama dengan pasukannya pada malam tanggal 4 Julai. Setelah berhasil menyeberangi sungai Donau, Napoleon mencuba mengungguli lawan dan melancarkan serangan-serangan pada petang hari. Pasukan Austria tersebar, tetapi pasukan Austria diuntungkan oleh kedudukan geografi mereka. Walaupun pasukan Perancis awalnya cukup berhasil, pasukan Austria mulai unggul dan mematahkan serangan Perancis. Karl merasa terdorong oleh keberhasilannya dan pada fajar hari berikutnya melancarkan serangan di sepanjang. Serangan ini hampir menghancurkan bahagian kiri pasukan Napoleon, tetapi mengalami kegagalan di sebelah kanan. Napoleon membalas dengan melakukan penyerbuan dengan tentera berkuda yang berhasil menghentikan serangan Austria. Napoleon lalu mengirik Kor IV untuk menstabilkan bahagian kirinya. Pertempuran mulai berbalik dan Napoleon melancarkan serangan besar-besaran. Pada siang hari tanggal 6 Julsi, Karl mengakui kekalahannya dan mundur bersama pasukannya ke Bohemia. Namun, Grande Armée berhasil mengejarnya dan memenangkan Pertempuran Znaim. Di tengah pertempuran Znaim, Karl memutuskan untuk meminta gencatan senjata yang mengakhiri Perang Gabungan Kelima.